1. هدفمند نمودن پژوهش های حیطه HSR معاونت درمان براساس نیاز موجود
2. افزایش کمی و کیفی پژوهش نظام سلامت و درمان جهت کاربران این حوزه
3. ارتقا کیفیت تحقیقات در نظام سلامت و درمان
4. بسترسازی برای کاربرد و سیاست گزاری نتایج پژوهش های حیطه HSR معاونت درمان
5. استفاده بهینه و کاربردی از نتایج به دست آمده پژوهش های حیطه HSR معاونت درمان
6. بهبود و ارتقای سلامت جامعه به عنوان بخشی از فرآیند کلی توسعه اجتماعی، اقتصادی مبتنی بر انسان سالم از طریق افزایش اثربخشی و کارآیی نظام ارائه‌دهنده خدمات سلامت
7. حمایت از روند تصمیم‌گیری در تمام سطوح با تولید اطلاعات مناسب با افزایش کارآیی نظام سلامت و در نتیجه بهبود وضعیت درمان
